日本上空出現(xiàn)了宇宙飛碟，有很多人都親眼目睹，媒體也競相報道。飛碟中的怪人，在日本頻頻亮相，制造一個又一個事件，這使人們陷入恐慌。大偵探明智小五郎和他的徒弟小林芳雄，又一次與歹徒斗智斗勇，揭開宇宙飛碟和宇宙怪人的秘密……

天色暗淡的傍晚，一位白胡子爺爺出現(xiàn)在東京的一條街上。他與少年們交談時謊稱深山老林里有鐵塔王國，并要挾高橋賢二的父親向鐵塔王國捐助巨額經(jīng)費。因其父親拒絕捐助，賢二遭到綁架。少年偵探小林秘密潛入鐵塔王國，被歹徒識破，與賢二一起被關押在空中牢房，情況緊急。明智大偵探與警方能否端掉鐵塔王國，抓獲獨角蟲怪物團伙？

東京城里發(fā)生了一連串的搶劫盜竊案件，并且事后在案發(fā)現(xiàn)場都發(fā)現(xiàn)了落款灰色巨人的便箋。在珍珠塔和珍珠項鏈之后，歹徒將目標對準了少年偵探園井家的彩紅寶石王冠，少年偵探團和流浪兒別動隊全體出動，能夠戰(zhàn)勝神秘的灰色巨人嗎？灰色巨人的真面目到底是什么呢？

某海難救助公司接受委托，潛入某處淺海區(qū)打撈一艘沉船，結果連沉船影子也沒有見著。十天后，少年偵探賢吉在神社森林里發(fā)現(xiàn)一個匆忙的人影。這人讓他保管一只小鐵箱，箱子里藏有當年的船長遺書、保險公司的證明書和到航海圖。為尋找和打撈這批黃金，潛水員先后在沉船附近發(fā)現(xiàn)鐵人魚、魚形潛水艇和巨型螃蟹等……

東京城里出現(xiàn)了一頭專門吞吃珠寶和鈔票的黃金豹，它先后搶劫了銀行、珠寶店，還引發(fā)了一起列車劫案，搞得人心惶惶，而且每次它消失的時候，都會出現(xiàn)一個老人……大偵探明智小五郎和小林芳雄帶領少年偵探團層層設防，終于撕下了黃金豹的偽裝，讓所有的失物物歸原主。

六年級學生不二夫發(fā)現(xiàn)院子樹林里有一黃金怪人，可以瞬間變成少年和只有二十厘米高度的矮個。不久，其父親珍藏的書失竊。又不久，少年偵探團長小林被誘騙落入圈套。明智將計就計，救出小林，與少年偵探團一起協(xié)助警方搗毀了黃金怪人的巢穴。

馬戲團的演出現(xiàn)場驚現(xiàn)骷髏怪人。來歷不明的骷髏怪人頻頻滋事，將馬戲團攪得天翻地覆。同時，馬戲團長的兒子正一神秘失蹤。為了解真相，少年偵探團一路追蹤腹語術師，發(fā)現(xiàn)了驚人的秘密，一場隱藏十幾年的復仇計劃就此揭開……

惡魔的面孔突然出現(xiàn)，天空、池塘也相繼出現(xiàn)了驚人的巨臉，整個日本陷入一片恐怖的氛圍。東京監(jiān)察廳的檢察官花崎俊夫，因秉公執(zhí)法得罪了一些人，他的兩個孩子相繼被綁架。大偵探明智小五郎又一次與歹徒斗智斗勇，真相終于漸漸浮出水面……

赤坂見附公園發(fā)生了一起綁架案，嫌疑人是一個古怪的玩偶師。為了調查案件，小林芳雄男扮女裝，真由美和口袋小和尚也屢屢深陷險境。這一切的幕后黑手到底是什么人，他的目的又是什么？大偵探明智小五郎和少年偵探們能夠一一破解，取得最后的勝利嗎？

四十面相又一次越獄了，這一次，他公然宣稱要拿走神山先生收藏的倫勃朗的名畫。大偵探明智小五郎帶領少年偵探團和流浪兒別動隊與四十面相團伙連番交手，口袋小和尚大顯身手，不但破壞了四十面相的陰謀詭計，還一舉破獲了他最后的大本營——奇面城。