目錄
前言
第1章 緒論 1
1.1 蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的計(jì)算分析 1
1.1.1 蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)及其研究所面臨的挑戰(zhàn) 1
1.1.2 蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)研究的具體內(nèi)容 4
1.2 蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)在疾病研究中的應(yīng)用 11
1.2.1 過(guò)濾方法 13
1.2.2 文本和數(shù)據(jù)挖掘方法 13
1.2.3 基于網(wǎng)絡(luò)的方法 15
1.3 本書的主要研究?jī)?nèi)容和框架 19
1.3.1 分離靜態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)為不同時(shí)刻的動(dòng)態(tài)網(wǎng)絡(luò) 20
1.3.2 關(guān)鍵蛋白質(zhì)偵測(cè)算法 20
1.3.3 蛋白質(zhì)復(fù)合物挖掘算法 21
1.3.4 疾病基因識(shí)別算法 22
1.4 本書的結(jié)構(gòu) 23
1.5 本章總結(jié) 24
第2章 動(dòng)態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)研究 25
2.1 研究背景 25
2.2 動(dòng)態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建方法 27
2.2.1 數(shù)據(jù)集 27
2.2.2 重構(gòu)TC-PINs 28
2.2.3 從TC-PINs中識(shí)別蛋白質(zhì)復(fù)合物 31
2.2.4 評(píng)價(jià)指標(biāo) 32
2.3 結(jié)果和討論 34
2.4 本章總結(jié) 46
第3章 關(guān)鍵蛋白質(zhì)研究 48
3.1 研究背景 48
3.2 關(guān)鍵蛋白質(zhì)偵測(cè)算法WDC 51
3.2.1 算法描述 51
3.2.2 結(jié)果和討論 54
3.3 關(guān)鍵蛋白質(zhì)偵測(cè)算法CNC 72
3.3.1 算法描述 72
3.3.2 結(jié)果和討論 77
3.4 關(guān)鍵蛋白質(zhì)偵測(cè)算法SCP 82
3.4.1 算法描述 82
3.4.2 結(jié)果和討論 87
3.5 本章總結(jié) 95
第4章 蛋白質(zhì)復(fù)合物研究 97
4.1 研究背景 97
4.2 蛋白質(zhì)復(fù)合物挖掘算法CMBI 99
4.2.1 算法描述 99
4.2.2 結(jié)果和討論 105
4.3 蛋白質(zhì)復(fù)合物挖掘算法ClusterBFS 122
4.3.1 算法描述 122
4.3.2 結(jié)果和討論 126
4.4 本章總結(jié) 135
第5章 基于蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的疾病基因研究 137
5.1 研究背景 137
5.2 疾病基因識(shí)別算法PDMG 141
5.2.1 算法描述 141
5.2.2 結(jié)果和討論 144
5.3 疾病基因識(shí)別算法IMIDG 150
5.3.1 算法描述 150
5.3.2 結(jié)果和討論 154
5.4 本章總結(jié) 160
第6章 結(jié)束語(yǔ) 162
6.1 本書的主要貢獻(xiàn)和創(chuàng)新點(diǎn) 162
6.2 展望 164
參考文獻(xiàn) 166
后記 203
彩圖