本書主要內容包括:生物信息數據庫與軟件搜集、數據庫的檢索、利用BLAST進行序列相似性比對、多序列對位排列——Clustal分析、分子進化分析——系統(tǒng)進化樹的構建等。
《生物信息學》是人類基因組計劃完成后,伴隨測序技術的快速發(fā)展,基因組、轉錄組等各種組學相繼開展研究,使得越來越多的核苷酸序列、氨基酸序列、生物大分子的結構等生物分子信息數據呈指數增長,大量生物數據庫及生物軟件的增長也越來越快,因此生物信息學成為21世紀生命科學的核心課程。生
物信息學是一個學科領域含著基因組信息的獲取、處理、存儲、分配、分析和解釋的所有方面,是把基因組DNA序列信息分析作為源頭,破譯隱藏在DNA序列中的遺傳語言,是非編碼區(qū)的結能,同時在發(fā)現(xiàn)了新基因信息之行蛋白質空間結構模擬和預測逐漸成為研究熱點。21世紀生命科學研究領域,海量的生物學數據快速大量積累,而對于生命科學領域的研究或技術人員來說,運用生物信息學工具從海量的生物數據中挖掘信息及發(fā)現(xiàn)新知識已成為亟需掌握的技能。
本書共設計了10個實驗。章為緒論,主要介紹生物信息學發(fā)展的歷史及在未來生命科學研究中的作用;第二章介紹常用的生物信息學數據庫,講述核酸序列數據庫、蛋白質序列數據庫和蛋白質結構數據庫以及典型數據庫的格式和使用方法;第三章主要介紹數據檢索的原理及方法;第四章主要介紹核酸和蛋白質序列的比對方法及應用,著重講述雙序列比對的原理和常用工具:第五章和第六章主要介紹多序列比對的原理和常用工具括Clhustal 工具及利用Mega軟行系譜分析;第七章和第八章主要介紹基因組注釋及基因結構分析的主要內容、方法及工具;第九章和第十章則分別介紹從蛋白質序列分析其基本理化性質、結能的方法及其在研究中的應用;第十一章主要介紹核酸序列的分析括核酸序列的拼接及編輯,設計引物及克隆軟件等
本書得到了國家專業(yè)(生物技術)和塔里木大學專業(yè)(應用生物科學)建設項目的資助,在此表示感謝!本書借鑒和參考了多位同行的有關書籍、文獻,在此謹向參考資料的有關作者致以誠摯的謝意!由于時間和水平有限,書中難免存在疏漏和不足之處,敬請不吝指正。
羅曉霞:博士,教授,就職于塔里木大學生命科學與技術學院,生物信息學專業(yè)負責人。全國分子微生物及生物工程專業(yè)委員會委員,微生物學會常務理事。現(xiàn)從事微生物資源及其次級代謝產物的挖掘研究。先后主持完成國家自然科學青年項目一項;兵團博士項目1項;塔里木大學校長1項;上海交通大學微生物代謝國家實驗室開放課題一項。主持兵團中青年領才項目1項;參與完成國家973計劃項目1項,排名第4;參與完成國家863計劃項目1項,排名第3;獲兵團科步獎,排名第3;獲塔里木大學科步,排名第3;文12篇,期中SCI收錄10篇。指導完大學生創(chuàng)新項目3項,指導大學生“挑戰(zhàn)杯”競賽全國1次,兵團2次;自治區(qū)“微生物學”教學團隊的骨,主要承擔生物信息學,發(fā)酵工程,現(xiàn)代微生物生物技術,高級微生物等課程的教學任務,參與出版專著1部,出版教材1部,獲塔里木大學優(yōu)秀教材。
第一章緒論
第二章生物信息數據庫與軟件搜索
第三章數據庫的檢索
第四章利用BLAS行序列相似性比對
第五章多序列對位排列——Clustal分析
第六章分化分析——系化樹的構建
第七章 基因預測
第八章 基因精細結構的預測
第九章蛋白質一級結構的預測
第十章蛋白質高級結構的預測
第十一章核酸序列的其他分析