教材內(nèi)容歸納為一條主線、兩個基礎(chǔ)、四個層次。一條主線，即將生物發(fā)酵技術(shù)中各研究對象共性的規(guī)律提煉出來，按照發(fā)酵工藝過程和創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)教育為主線（菌種培養(yǎng)基種子擴培發(fā)酵過程控制）來編排教學內(nèi)容。兩個基礎(chǔ)，即生物學基礎(chǔ)、工程學基礎(chǔ)，堅持兩個基礎(chǔ)并重，讓學生在掌握生物學基本原理的基礎(chǔ)上，認識發(fā)酵過程的放大與控制的基本特點。四個層次，即圍繞初級代謝、次級代謝、基因工程產(chǎn)物、生物轉(zhuǎn)化這四大典型的發(fā)酵過程來精選案例，讓學生在了解共性的基礎(chǔ)上對生物過程的特點有一個全面的認識。
本教材采用項目任務模式編寫，全書共分為8個項目，內(nèi)容根據(jù)發(fā)酵工程職業(yè)崗位（群）對技術(shù)操作人員知識和能力要求，包括：生物發(fā)酵崗前準備、生產(chǎn)菌種的制備、生產(chǎn)培養(yǎng)基的制備、發(fā)酵設(shè)備、發(fā)酵生產(chǎn)中的無菌技術(shù)、發(fā)酵過程的調(diào)控、發(fā)酵產(chǎn)品的分離純化和典型產(chǎn)品的發(fā)酵生產(chǎn)。