第1章緒論001
1.1環(huán)形RNA概述003
1.2環(huán)形RNA的生物學功能005
1.3環(huán)形RNA的識別計算010
1.4環(huán)形RNA內(nèi)部結(jié)構(gòu)的探索及定量估計研究013

第2章環(huán)形RNA全長轉(zhuǎn)錄本序列組裝的計算研究019
2.1引言021
2.2基于EMPC算法的環(huán)形RNA全長轉(zhuǎn)錄本序列重構(gòu)方法022
2.2.1基于參考基因組的轉(zhuǎn)錄本組裝022
2.2.2環(huán)形RNA全長轉(zhuǎn)錄本序列組裝024
2.3模擬數(shù)據(jù)驗證027
2.3.1環(huán)形轉(zhuǎn)錄組測序模擬數(shù)據(jù)生成工具027
2.3.2模擬數(shù)據(jù)集030
2.3.3算法性能評估031
2.3.4環(huán)形RNA轉(zhuǎn)錄本重構(gòu)的復雜性分析032
2.4實驗驗證034
2.4.1小鼠睪丸環(huán)形RNA測序數(shù)據(jù)的準備034
2.4.2小鼠睪丸環(huán)形RNA組裝結(jié)果035
2.4.3用RT-PCR和Sanger測序?qū)�組裝結(jié)果進行驗證038
2.4.4算法對真實數(shù)據(jù)的重構(gòu)效率分析051
2.5與現(xiàn)有算法的比較054
2.6小結(jié)058

第3章環(huán)形RNA轉(zhuǎn)錄本定量計算研究061
3.1引言063
3.2基于EM算法的環(huán)形RNA轉(zhuǎn)錄本定量計算方法064
3.3模擬數(shù)據(jù)驗證068
3.3.1模擬數(shù)據(jù)集068
3.3.2算法性能評估069
3.4實驗驗證072
3.5與現(xiàn)有算法的比較075
3.6人細胞系、小鼠睪丸和原雞肌肉中環(huán)形RNA的表達與分析076
3.7小結(jié)080

第4章小鼠睪丸和卵巢中環(huán)形RNA全長轉(zhuǎn)錄本表達譜分析083
4.1引言085
4.2材料和方法088
4.2.1樣本數(shù)據(jù)集的制備088
4.2.2環(huán)形RNA全長轉(zhuǎn)錄本序列組裝和定量分析089
4.2.3環(huán)形RNA可變剪接體的差異表達分析090
4.2.4功能富集分析090
4.2.5circRNA-miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建090
4.3結(jié)果091
4.3.1小鼠睪丸和卵巢組織中環(huán)形轉(zhuǎn)錄本的概貌091
4.3.2小鼠睪丸和卵巢組織中環(huán)形轉(zhuǎn)錄本的表達特征099
4.3.3對差異表達環(huán)形轉(zhuǎn)錄本的分析103
4.3.4circRNA-miRNA-mRNA相互作用調(diào)控網(wǎng)絡(luò)111
4.4小結(jié)113

第5章人腦膠質(zhì)瘤樣本中環(huán)形RNA全長轉(zhuǎn)錄本表達譜分析115
5.1引言117
5.2材料和方法119
5.2.1樣本數(shù)據(jù)集119
5.2.2環(huán)形RNA轉(zhuǎn)錄本序列重構(gòu)和定量分析119
5.2.3差異表達環(huán)形RNA轉(zhuǎn)錄本的鑒定120
5.2.4GO功能富集和KEGG信號通路分析120
5.2.5miRNA預測和ceRNA網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建120
5.3結(jié)果121
5.3.1人腦膠質(zhì)瘤樣本中環(huán)形轉(zhuǎn)錄本的概貌121
5.3.2對照樣本和疾病樣本中環(huán)形轉(zhuǎn)錄本的特征125
5.3.3環(huán)形轉(zhuǎn)錄本差異表達分析130
5.3.4circRNA介導的ceRNA網(wǎng)絡(luò)137
5.4小結(jié)139

附錄142
附錄1縮略語142
附錄2小鼠睪丸組織環(huán)形RNA內(nèi)部新的可變剪接事件144
附錄3RT-PCR實驗所用引物信息149
附錄4人類HeLa細胞系中環(huán)形RNA內(nèi)部新的可變剪接事件154
附錄5人類HEK293細胞系中環(huán)形RNA內(nèi)部新的可變剪接事件158
附錄6人類Hs68細胞系中環(huán)形RNA內(nèi)部新的可變剪接事件160
附錄7原雞肌肉組織中環(huán)形RNA內(nèi)部新的可變剪接事件163

參考文獻164