在校長辦公室里抓到了國民黨特務，學生的情緒如同火上澆油。學生會宣布從19日開始罷課，如交涉無結果，全體同學到南京請愿，罷免丁文淵。丁文淵也不讓步，18日宣布開除五名學生，21日又開除四名學生，處分三十人。并發(fā)出《告學生書》，逼迫學生結束罷課，恢復秩序。教育部次長杭立武表態(tài)支持丁文淵，并盼學“持緩和態(tài)度”。26日，教育部長朱家驊趕到上海，與丁文淵等密談。朱說，此次學潮非一般罷課事件可比，具有嚴重之政治性，從學生要求修改部頒自治會規(guī)則可以概見。希望學生從速復課，如再堅持，不惜解散同濟大學。鑒于矛盾已經不可調和，學生會決定：如果28日交涉仍無結果，同濟學生將于29日全體到南京請愿抗議。28日深夜，上海市警察局長俞平叔來到同濟，做最后的勸阻，遭到學生拒絕。
29日凌晨，國民黨軍警將同濟工學院團團包圍，禁止學生走出校門。四輛裝甲車把住了各個路口，騎警的馬隊虎視眈眈。千余名同濟學生在校門口高呼口號，復旦、交大等學校前來送行和聲援的學生站在街上，與同濟學生隔著墻互相喊話，表示支持。相持幾小時后，10時20分，同濟學生沖出校門，來到其美路上與軍警對峙。
眼看學生要沖破封鎖，市長吳國楨出面了。他向學生喊道：你們同濟的事，我一直很關心。到南京請愿，可推舉代表十人，我可以保護。但是不能集體請愿，這是違法的。學生高呼：根據憲法，人民有請愿的自由。吳國楨說：根據維持社會秩序緊急法，請愿不能超過十人。然后，他叫學生代表一起到旁邊的康隴酒坊談判。從十一時到午后三時，談判一直在拖延。吳國楨談笑自如，而丁文淵一直露面。這顯然是拖延時間，要把學生累垮。在學生群中的中共地下黨員吳學謙、喬石等商量，不能上當，要采取行動。這時，一個學生與警察發(fā)生沖突被捕，學生頓時憤怒起來，集體向前沖。吳國楨出來時，學生們向警察馬隊拋擲石塊，一時形勢大亂。有學生抓住吳國楨，打掉了他的帽子和眼鏡。并將他推倒在地。這時警察高喊：市長被打了！掏槍準備射擊。吳國楨怕釀成血案，趕緊喊：不準開槍！這時，擔任談判代表的地下黨員馮立文感到如果事態(tài)發(fā)展下去，將會導致嚴重后果，使學生在政治上處于被動。他一把拉起了吳國楨，立刻有警察趕來把吳護送走。
警察的馬隊在學生群中往來沖撞，揮舞棍棒，打傷踏傷學生多人，還有部分學生被警察捕去。手無寸鐵的學生難以與武裝軍警對抗，學生會指揮學生和外校同學退人工學院內。這時，吳國楨指著學生代表說：像這種行為，簡直是有意造成事件。他強硬提出：交出今天帶頭鬧事的學生，交出被開除的學生，立即復課。指揮軍警的上海警備司令宣鐵吾也氣勢洶洶地說：毆打行政長官，應當嚴辦。這時，丁文淵才來到。他根本不是來解決問題，而是配合吳國楨、宣鐵吾鎮(zhèn)壓學生的。
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