第1章緒論001
1.1引言001
1.2蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能004
1.2.1一級(jí)結(jié)構(gòu)004
1.2.2二級(jí)結(jié)構(gòu)006
1.2.3三級(jí)結(jié)構(gòu)006
1.2.4四級(jí)結(jié)構(gòu)007
1.2.5蛋白質(zhì)穩(wěn)定性008
1.2.6蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析008
1.2.7蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性分析009
1.2.8蛋白質(zhì)功能009
1.3配體-受體相互作用原理010
1.3.1受體-配體結(jié)合的關(guān)鍵點(diǎn)010
1.3.2結(jié)合過(guò)程理論模型010
1.3.3配體-受體相互作用的物理學(xué)性質(zhì)013
1.4蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)研究現(xiàn)狀018
1.4.1蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)和蛋白質(zhì)-配體結(jié)合位點(diǎn)的比較019
1.4.2蛋白質(zhì)-配體結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)020
1.4.3蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)029
1.5本研究的主要工作033
1.5.1基于氨基酸組成偏好的配體結(jié)合口袋識(shí)別方法034
1.5.2使用隨機(jī)森林方法進(jìn)行蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)的預(yù)測(cè)034
1.5.3殘基聚類(lèi)方法及其對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)的應(yīng)用035
1.5.4蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)輔助分子對(duì)接035

第2章基于氨基酸組成偏好的配體結(jié)合口袋識(shí)別方法037
2.1引言037
2.2基于全局口袋氨基酸組成偏好的配體結(jié)合口袋識(shí)別方法038
2.2.1材料與方法038
2.2.2結(jié)果與討論046
2.3基于局部口袋氨基酸組成偏好的配體結(jié)合口袋識(shí)別方法051
2.3.1材料與方法051
2.3.2結(jié)果與討論053
2.4本章小結(jié)057

第3章使用隨機(jī)森林方法進(jìn)行蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)的預(yù)測(cè)058
3.1引言058
3.1.1單棵樹(shù)生長(zhǎng)方法058
3.1.2自助法重采樣059
3.1.3隨機(jī)森林算法059
3.2基于單塊殘基屬性定義模型的蛋白質(zhì)-配體結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)061
3.2.1材料與方法061
3.2.2結(jié)果與討論066
3.3基于多塊殘基屬性定義模型的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)068
3.3.1材料與方法068
3.3.2結(jié)果與討論073
3.4本章小結(jié)079

第4章基于數(shù)據(jù)聚類(lèi)的蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)識(shí)別081
4.1引言081
4.2簡(jiǎn)單迭代方法優(yōu)化蛋白質(zhì)-配體結(jié)合位點(diǎn)識(shí)別085
4.2.1隨機(jī)森林086
4.2.2驗(yàn)證方法086
4.2.3殘差表示模型087
4.2.4閾值調(diào)整方法087
4.2.5迭代法087
4.2.6實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析088
4.3基于最小協(xié)方差行列式(MCD)和馬氏距離的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)識(shí)別091
4.3.1數(shù)據(jù)集093
4.3.2殘基模型和評(píng)價(jià)指標(biāo)093
4.3.3MCD計(jì)算、馬氏距離和魯棒距離094
4.3.4隨機(jī)森林095
4.3.5交叉驗(yàn)證和獨(dú)立測(cè)試096
4.3.6實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析096
4.4基于隨機(jī)森林鄰近距離的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)識(shí)別101
4.4.1數(shù)據(jù)集103
4.4.2殘基模型103
4.4.3隨機(jī)森林104
4.4.4距離度量104
4.4.5數(shù)據(jù)過(guò)濾與評(píng)價(jià)105
4.4.6鄰近距離優(yōu)化106
4.4.7實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析107
4.5本章小結(jié)113

第5章蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)及輔助分子對(duì)接115
5.1引言115
5.1.1分子對(duì)接方法分類(lèi)116
5.1.2目前面臨的主要問(wèn)題116
5.2結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)信息前端使用輔助蛋白質(zhì)-配體對(duì)接117
5.2.1材料與方法117
5.2.2結(jié)果與討論120
5.3結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)信息后端使用輔助蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)對(duì)接122
5.3.1材料與方法123
5.3.2結(jié)果與討論128
5.4本章小結(jié)135

第6章總結(jié)與展望136
6.1研究工作總結(jié)136
6.2未來(lái)研究展望138

參考文獻(xiàn)140